В 1993 году окончил исторический факультет МГУ (отделение истории искусства).
В 1998 году защитил кандидатскую диссертацию по теме «Архитектура в венецианской живописи Возрождения».
В 1996-99 годах — ведущий программы ОРТ «Взгляд».
В 2001 году в качестве ведущего принимал участие в программе Первого канала «Последний герой».
Отец Сергея — режиссер <a href="/name/25244/" class="all">Сергей Бодров</a>, мать — Валентина Николаевна Бодрова, искусствовед. Они в разводе с 1976 года.
В июле 2002 года приступил к съёмкам своего второго после «Сестёр» фильма с названием «Связной»; в сентябре съёмочная группа прилетела на Кавказ. 19 сентября были сняты эпизоды в женской колонии под Владикавказом. В Кармадонском ущелье должны были проходить съёмки эпизода возвращения из армии одного из главных героев — Ильяса. По официальной версии, со скалы на горе Джимара сорвалась глыба льда. Она упала на ледник Колка, и тот двинулся по ущелью, захватывая за собой камни. Этот поток накрыл Кармадонское ущелье, в котором находился Бодров и его группа; крупномасштабные спасательные и поисковые работы не дали результата.
Первым киноопытом стали съёмки в фильме отца «<a href="/film/43575/" class="all">Свобода — это рай</a>» в 1989 году; Сергей появился на экране всего лишь на мгновение, сыграв малолетнего правонарушителя в серой робе и с биркой на груди, сидящего в ожидании собственной судьбы рядом с пойманным главным героем.
Сергей учился в школе с углублённым изучением французского языка.
У него двое детей от <a href="/name/637548/" class="all">Светланы Михайловой</a> — дочь <a href="/name/6118672/" class="all">Ольга</a> и сын <a href="/name/6519517/" class="all">Александр</a>.